Bionic Commando è un gioco Capcom, uno sparatutto a piattaforma a scorrimento ambientato dieci anni dopo la fine della terza guerra mondiale.
Il giocatore che assume il ruolo di “Super Joe”; un commando d’élite incaricato di infiltrarsi nella base militare fortemente difesa del nemico per scoprire i loro piani segreti e distruggere i loro silos missilistici.

Per aiutarlo nella sua missione, Joe è dotato di un braccio bionico; un rampino telescopico che serve per attraversare le numerose piattaforme e sporgenze che compongono i livelli del gioco. Il braccio può anche essere usato per stordire temporaneamente i nemici o farli cadere dalle piattaforme, nonché per recuperare gli oggetti bonus, le casse di legno e le armi che vengono occasionalmente lanciate nella zona di guerra dal paracadute.

Oltre al braccio bionico, Joe è armato con un fucile usato per uccidere i nemici e distruggere gli ostacoli. Tuttavia, il fucile può essere usato solo a destra e a sinistra e non può essere utilizzato contemporaneamente al braccio bionico. Durante il gioco è possibile raccogliere armi più potenti.

Bionic Commando si compone di cinque fasi:
* Fase 1: Foresta
* Fase 2: Avamposto nemico (The Forefront)
* Fase 3: Base sotterranea (infiltrazione)
* Fase 4: Torre di controllo
* Fase 5: Ferma il missile

Nel livello finale, Joe deve fermare il lancio di un missile nucleare, prima di un confronto finale con il boss finale del gioco, il capo delle forze nemiche.