Il gameplay di Rolling Thunder si svolge su due livelli di piattaforme, con il giocatore in grado di saltare o lasciarsi cadere sulle piattaforme come e quando richiesto. Albatross inizia il gioco armato solo di una pistola standard e di una quantità limitata di munizioni. Se le munizioni della pistola si esauriscono, il giocatore può sparare solo un singolo “Chaser” (proiettile) molto lento

Ogni livello è disseminato di porte; la maggior parte di questi contengono nemici che emergono costantemente e devono essere superati con attenzione; alcuni, tuttavia, forniscono anche munizioni e nuove armi. Le stanze delle munizioni sono chiaramente contrassegnate mentre le stanze delle armi hanno porte di metallo rinforzate. Una stanza delle armi offre al giocatore un fucile d’assalto completamente automatico che consente di sparare continuamente tenendo premuto il pulsante di sparo. Come con la pistola, il fucile d’assalto ha una quantità limitata di munizioni.

La maggior parte dei protagonisti di Rolling Thunder sono soldati incappucciati conosciuti come “Maskers”. I mascheratori sono vestiti in vari colori, il che determina sia la loro forza che il modello di attacco. Alcuni Masker non sparano, ma lanciano invece granate, mentre altri sparano con la pistola mentre si accovacciano, rendendo i loro colpi molto più difficili da evitare.

Altri nemici includono ninja, pipistrelli mutanti conosciuti come Gelzos, pantere, creature gialle urlanti conosciute come Blogas e uomini di lava.

L’albatro deve viaggiare attraverso due diversi segmenti o “storie” – ciascuno composto da cinque fasi – per un totale di dieci fasi. Le fasi della Storia 2 sono essenzialmente una versione più difficile delle loro controparti della Storia 1, con più trappole e un diverso posizionamento dei nemici. Alla fine della fase finale, il giocatore deve combattere il leader di Geldra Maboo per salvare Leila e completare la missione.